Hola Saúl! ¿Nos podrías compartir más acerca de tu duda? Para poder darte un mejor soporte. 😊
¡Saludos!

Tengo entendido que la opción Merge Querys solo funciona cuando tienes para tus 10,000 registros en esa tabla con su respectivo ID o Clave única (por ejemplo el ID de nomina) y en la otra tabla hay también esos mismos 10,000 registros con la información faltante que deseas completar, como por ejemplo, el puesto de cada uno de ellos, el salario, el email, etc.

Creo que el problema en el caso que planteas es que habría 5 mil empleados que no tendrían información asociada y por eso puede marcar error la ventana de Merge.

El cruce de esos datos solo es posible cuando hay una correspondencia exacta en el numero de registros a cruzar en ambas tablas. 

Si lo que realmente deseas es completar la info de 10,000 empleados con datos de otra tabla mas pequeña, la misma relacion establecida por el ID, y usando una columna calculada con DAX y la funcion Related, te darian el resultado deseado.

Espero estar en lo correcto y te sea de ayuda mi comentario.